شورای ملی ایران دارای هشت کمیسیون می باشد :
- کمیسیون کنش های خشونت پرهیز
- کمیسیون آشتی ملی
- کمیسیون حقوق بشر
- کمیسیون فرهنگ و زیست بوم
- کمیسیون روابط بین الملل
- کمیسیون گذار
- کمیسیون پژوهش،
- کمیسیون رایزنی
کمیسیون ها بازوهای اجرایی وزیر نظارت دفتر سیاسی هستند وتصمیمات آن را اجرا می نمایند.